ব্রহ্মপুত্র: ব্রহ্মপুত্র নদের তীরে এবং নদী বক্ষে জেগে ওঠা চরাঞ্চল অর্থাৎ বেলে মাটি অঞ্চল। উপজেলার পূর্বাংশের অনেক স্থান এবং তিস্তা ও করতোয়া নদী তীরের অংশ এই বেলে মাটি অঞ্চলের আওতাভুক্ত। এই মাটিতে সরিষা, ভুট্টা, বাদাম বিভিন্ন প্রকার ডাল, আখ ইত্যাদি ফসল ভাল জন্মে।
মানস: তিস্তার এই শাখাটির দীর্ঘ গতি পথ সম্পর্কে বুকানন সাহেব তার বিবরণীতে বর্ণনা দিলেও বর্তমানে এই পরিত্যক্ত খালটির অনেকাংশ ভরাট হয়ে গেছে। এটি সুন্দরগঞ্জ থানার দক্ষিণাংশে দৃষ্ট হয়। মরা মানস হাট লক্ষ্মীপুরের মধ্য দিয়ে দাড়িয়াপুর ব্রীজের নীচ দিয়ে প্রবাহিত হয়ে বাগুড়িয়ার নিকট ঘাঘটের সংগে মিলিত হয়ে রসুলপুরে ব্রহ্মপুত্র নদে পতিত হয়েছে।
যমুনা: যমুনা নদীকে অনেকে ফুলছড়ি উপজেলার অভিশাপ বলে থাকেন। কেননা এই যমুনা নদীর গর্ভে বিলীন হয়ে আছে ফুলছড়ি উপজেলার সিংহভাগ এলাকা। যমুনা নদী গর্ভে ফুলছড়ি উপজেলার প্রতিটি ইউনিয়নের একটি অংশ বিলীন। এজন্যই মূলত যমুনা নদীকে ফুলছড়ির অভিশাপ বলে থাকেন অনেকে।
এছাড়াও আরও অনেক ছোট ছোট নদী-নালা, খাল-বিল বিদ্যামান ফুলছড়ি উপজেলায়।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস